Прошло 15 лет после загадочной глобальной катастрофы, поставившей человечество на грань выживания. Но оставшихся в живых впереди ждут еще более страшные испытания… Землю атакуют «Ангелы», загадочные гигантские существа, появившиеся неизвестно откуда.
Единственное оружие на планете, способное им противостоять — роботы серии «Евангелион», созданные при помощи передовых биотехнологий. Правда, сражаться с помощью этих огромных машин способны только те пилоты, которые могут полностью «синхронизировать» себя с роботом и управлять «Евангелионом» как собственным телом. Эти уникальные бойцы обучаются и живут в секретном подземном городе Токио-3, штаб-квартире организации «NERV», возглавляющей защиту Земли от вторжения.

Синдзи, Аска и Рей — пилоты, между которыми складываются крайне непростые отношения. Но именно от них зависит судьба планеты и разгадка тайны зловещих «Ангелов».